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源泉徴収の仕組みをわかりやすく解説!課税対象となる支払いや事務処理の流れをご紹介

源泉徴収の仕組みをわかりやすく解説!課税対象となる支払いや事務処理の流れをご紹介

所得税は前年の所得に対して課税されることから、毎年2月~3月に開催される確定申告により課税金額を確定します。しかしサラリーマンの多くは「源泉徴収」により、確定申告が免除されます。

源泉徴収とは毎月の給与から税金を差し引いて納税する制度。つまり給与を支払う会社が社員の代わりに所得税を徴収して、まとめて納税する制度です。

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源泉徴収の仕組み

源泉徴収で対象になる所得税は「申告税」で、実際に得た所得を申告して納税します。

しかし課税対象者の全員が確定申告を行うと、「税務署の混雑」「申告忘れ」「徴収漏れ」などの事態が想定されることから、会社が給与から所得税分(復興特別所得税含む)を差し引いて納付します。

これが「源泉徴収制度」と呼ばれる仕組みで、基本的には事業を行う会社はすべて源泉徴収を行う義務があります。この源泉徴収を行う事業者(会社)を「源泉徴収義務者」と呼びます。

源泉徴収の対象とされている給与所得者は、給与から所得税が差し引かれるため、原則として(※)確定申告を行う必要がありません。

(※)「給与所得が2,000万円を超える」「副業での所得が20万円を超える」「2ヵ所以上から給与をもらっている」「住宅ローン控除をはじめて受ける」「医療費が100,000円以上かかったので、医療費控除を受けたい」といったケースでは、確定申告が必要です。

源泉徴収した税金は年末調整で精算する

源泉徴収の計算は国税庁が定める「給与所得の源泉徴収税額表」を利用して算出します。しかし本来の所得税は申告税であり、年間所得に対して課税する性質の税金です。

つまり源泉徴収はあくまで仮の納税であり、年末に所得を再計算して正確な所得税を算出しなくてはなりません。

「年末調整」は、源泉徴収対象者が年間の所得を確定して、所得税を再計算する手続きです。仮で徴収された所得税を再度計算して、徴収が多ければ返金、少なければ課税します。

源泉徴収は「控除を行った金額」が対象となる

源泉徴収は、すべての収入に対してではなく、一定の控除を行った「手取り給与」に対して行います。

また扶養親族の人数によっても課税額が変わるので、会社は社員に対して、あらかじめ配偶者控除や扶養控除、障害者控除などに関する情報が記載されている「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」の提出をしてもらって、控除状態を確認しなくてはなりません。

報酬も源泉徴収の対象となる

源泉徴収は毎月の給与だけでなく、賞与(ボーナス)も対象です。また退職金も勤続年数による控除を行ったのち、所得税が計算され源泉徴収されます。

源泉徴収は給与所得者だけの徴収方法だと思われがちですが、一部の報酬や料金も対象です。例えば税理士・社会保険労務士・弁護士などに支払う報酬は、源泉徴収の対象。また講演料・原稿料についても対象です。

参考記事:源泉徴収税額の計算方法とは?納税までの流れや注意点についても徹底解説

源泉徴収を行う前の準備

源泉徴収を行う前には、いくつかの手続き・準備が必要です。

まず、国内において給与などの支払事務を取り扱う事務所などを開設・移転・廃止した場合、「給与支払事務所等の開設・移転・廃止届出書」を所轄税務署に提出しなければなりません。

また、従業員の給与収入から必要な控除をしてから源泉徴収を行うことになるため、各従業員に「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」の提出を求め、どのような控除が適用されるのかを把握してください。

なお、「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」にはマイナンバーを記載する欄があるので、「番号確認」および「身元確認」も併せて実施しましょう。

源泉徴収の方法を所得別に解説

源泉徴収の方法を所得別に解説

ここからは、源泉徴収の対象となる所得と徴収額の算出方法をご紹介します。

会社の従業員である給与所得者に対する主な源泉徴収は「給与」「賞与(ボーナス)」「退職金」の3つです。

また、会社で取り扱う業務によっては外部委託業者への報酬や料金の支払いが発生しますが、これらも源泉徴収の対象となります。

それぞれの対象の源泉徴収額はどのように算出するか、下記で解説します。

給与

毎月の給与から源泉徴収を行うには、扶養親族の数を考慮したうえで「給与所得の源泉徴収税額表」を利用して算出します。

表には甲・乙の区別があり、甲は1社から給与を受け取っている方、乙は複数の会社から給与を受け取っている方です。また甲には扶養親族の数ごとに税額が記載されており、社会保険料を引いた手取り給与と扶養親族の数により税額を算出します。

非課税となる給与
給与として支払う金額のなかには、非課税のため源泉徴収の対象とならないもの(通勤手当、特殊な給与など)があります。下表に、通勤手当のうち非課税となる上限金額をまとめました。

区分 課税されない金額の上限(1ヵ月あたり)
交通機関や有料道路の利用者に支給する通勤手当 1ヵ月あたりの合理的な運賃などの額(最高限度:150,000円)
交通用具(自動車や自転車など)の使用者に支給する通勤手当 通勤距離が片道55km以上 31,600円
通勤距離が片道45km以上、55km未満 28,000円
通勤距離が片道35km以上、45km未満 24,400円
通勤距離が片道25km以上、35km未満 18,700円
通勤距離が片道15km以上、25km未満 12,900円
通勤距離が片道10km以上、15km未満 7,100円
通勤距離が片道2km以上、10km未満 4,200円
通勤距離が片道2km未満 0円(全額課税)
交通機関の利用者に支給する通勤用定期乗車券 1ヵ月あたりの合理的な運賃などの額(最高限度:150,000円)
「交通機関や有料道路の利用者」かつ「交通用具の使用者」である者に支給する通勤手当や通勤用定期乗車券 「1ヵ月あたりの合理的な運賃などの額」および「交通用具(自動車や自転車など)の使用者に支給する通勤手当」の合計額(最高限度:150,000円)

また、旅費や宿日直料、交際費、結婚祝金品、葬祭料・香典・見舞金などは「特殊な給与」として取り扱われ、一定の条件を満たす場合は課税対象外となりますので覚えておきましょう。

賞与

賞与の源泉徴収は国税庁が作成する「賞与に対する給与所得の源泉徴収税額の算出率の表」を元に計算します。

計算は給与とは違い扶養親族を考慮したうえで、「前月の社会保険料等控除後の給与等の金額」を参照し、記載された「賞与の金額に乗ずべき率」を確認して計算します。

退職金

退職金は「源泉徴収のための退職所得控除額の表、課税退職所得金額の算式の表及び退職所得の源泉徴収税額の速算表」で計算します。退職金は勤続年数による「退職所得控除」を差し引き、1/2を乗じた額に課税されます。

給与以外の源泉徴収

給与以外で源泉徴収の対象になるのは「利子所得」「配当所得」「報酬・料金」です。

利子所得は銀行預金で受け取る利子に対して課税され、20.315%が源泉徴収されます。また株式の配当にかかる配当所得も一部を除き20.315%が源泉徴収されます。

税理士・社会保険労務士・弁護士などに支払う報酬・料金の源泉徴収は、支払い額が100万円以下で10.21%、100万円超では100万円を超える部分の20.42%が課税対象となります。報酬・料金の源泉徴収額は、業種により計算方法が異なるので注意してください。

源泉徴収事務の流れ

源泉徴収事務の流れ

年間に行われる源泉徴収事務の流れは、「毎月の源泉徴収」と「年末の年末調整」、そして一定の条件で必要な「確定申告」です。

毎月の源泉徴収

毎月の給与支払い時に行う源泉徴収は、総支給額から非課税の交通費や社会保険料を差し引いて、手取り額を確定し行います。また労使協定による財形貯蓄や団体生命保険料も控除対象です。

なお、毎月の給与に加えて賞与や退職金が発生した際には、別途源泉徴収を行う必要がありますので覚えておきましょう。

1年に1度の年末調整

従業員の状況変化により、徴収額に変動が起きるケースは少なくありません。1年の間に子どもが生まれて扶養家族が増えたり、昇給などで給与が増加したりすることもあります。

あくまで源泉徴収は仮の納税であり、1年が終わらないかぎり正確な税額は確定しません。そのため源泉徴収される所得税の合計と、年間の合計所得で計算した所得税はイコールになりません。

そこでそのズレを解消するのが年末調整です。年末調整は、以下の流れで行います。

1. 各種控除の金額の確定
2. 年調年税額の計算
3. 過納額の還付、または、不足額の徴収

各種控除の額を算出する際には、扶養控除・障害者控除・寡婦控除・ひとり親控除・勤労学生控除の適用で必要な「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」を必ず従業員に提出してもらいましょう。

加えて、従業員に適用される控除によっては、以下の書類の追加提出が必要です。

● 給与所得者の基礎控除申告書:基礎控除の適用で必要
● 配偶者控除等申告書:配偶者控除・配偶者特別控除の適用で必要
● 所得金額調整控除申告書:所得金額調整控除の適用で必要
● 給与所得者の保険料控除申告書:生命保険料控除・地震保険料控除などの適用で必要
● 給与所得者の(特定増改築等)住宅借入金等特別控除申告書:(特定増改築等)住宅借入金等特別控除の適用で必要

控除金額の算出が完了したら、それをもとに最終的な年税額である「年長年税額」を計算しましょう。計算にあたっては「所得控除額の合計額の差引」「算出所得税額の速算表を用いた計算」などを行います。

最後に、算出した年調年税額を毎月の徴収税額の合計と比較して過不足額を求め、精算を行います。

以下のように、源泉徴収された額と比較して源泉徴収額が多ければ返金(還付)、少なければ追加課税されることになります。

【  返金  】 = 【 年末調整税額 】 < 【 源泉徴収税額 】

【 追加課税 】 = 【 年末調整税額 】 > 【 源泉徴収税額 】

年末調整には複雑な作業が発生するため、手計算ではミスをゼロにすることが困難です。時間や労力を抑えつつ正確な計算を行うために、会計ソフトの活用をご検討ください。

源泉所得税の納付時期・納付方法

源泉徴収をした所得税(および復興特別所得税)は、原則として、給与などを支払った月の翌月10日までに納付しなければなりません。

納付の手続きは、「給与所得・退職所得等の所得税徴収高計算書(納付書)」を添えて最寄りの金融機関または所轄の税務署で行う方法のほか、e-Taxを利用したダイレクト納付(※)も可能です。

また、給与の支給人員が常時10人未満である源泉徴収義務者の場合は、源泉徴収をした所得税(および復興特別所得税)を、年2回(7月10日と翌年1月20日)にまとめて納付できる特例を受けられます。

ただし、特例の利用には「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請」が事前に必要です。手続き期間・納付期限には十分注意しましょう。

(※)e-Taxを利用して電子申告や納付情報の登録をしたあと、預貯金口座からの振替により、簡単なクリック操作で即時または期日を指定して納付できる仕組み(事前に税務署への届出が必要)

従業員が確定申告を行う際の対応

給与所得者である従業員は毎月の給与から源泉徴収されているため、原則として確定申告の必要はありません。ただし下記のような一定の条件に当てはまる方は、源泉徴収とは別に確定申告を行います。

● 医療費控除の利用
● 寄付金控除の利用
● 住宅ローン控除(住宅借入金等特別控除)の利用
● 副収入が年間20万円超
● 年収2,000万円超

年間の医療費が10万円超で適用される医療費控除、国や自治体などへの寄付で適用される寄付金控除、住宅ローンの残高で控除を受ける住宅ローン控除などの還付を受けるには、源泉徴収以外に確定申告が必要です。

また源泉徴収対象者で副収入が20万円を超える方や、給与の年間支給額が2,000万円を超える方も確定申告が必要です。

ただし、住宅ローン控除は会社員であれば適用2年目以降は年末調整で控除を受けられます。

給与所得者が確定申告を行う際には源泉徴収票が必要になるので、従業員から希望があった際には優先して発行するように心掛けましょう。

会計・経費精算ソフトをお得に使えるセゾンのビジネスカードをご紹介

会計ソフトや経費精算ソフトを使えば、毎月の給与計算に伴う源泉徴収・年末調整をスムーズに行えます。以下の3種類のカードには経理・会計・給与計算に役立つ優待特典が付帯しているので、申し込みを検討してはいかがでしょうか。

● セゾンプラチナ・ビジネス・アメリカン・エキスプレス(R)・カード
● セゾンコバルト・ビジネス・アメリカン・エキスプレス(R)・カード
● freeeセゾンプラチナ・ビジネス・アメリカン・エキスプレス(R)・カード

各カードの特長を詳しく説明していきます。

セゾンプラチナ・ビジネス・アメリカン・エキスプレス(R)・カード

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年会費3,300円(税込)の追加カードを最大9枚まで発行できるので、従業員に持たせておけば経費清算の手間が省けます。さらに、以下に示すように、経費精算ソフトをはじめとしたビジネスに役立つ優待特典・付帯サービスが充実している点も魅力のひとつです。

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なお、プラチナ会員専用のコンシェルジュ・サービス(24時間365日、専任のスタッフが対応するコールセンター)が用意されているので、出張で航空券やホテルなどを手配する際ににお役立てください。

さらに、セゾンプラチナ・ビジネス・アメリカン・エキスプレス(R)・カードでは、出張でのフライトと併せて、さらにお得にマイルをためられるサービス「SAISON MILE CLUB」への無料登録が可能です。

「SAISON MILE CLUB」に登録すると、日々のショッピング1,000円(税込)につきJALのマイルが10マイル自動的にたまる(※2)ほか、マイルとは別に2,000円(税込)ごとに1ポイントの永久不滅ポイントを獲得できます。

そのほかにも、レストランやネットサービスでのキャッシュバックを受けられる「セゾン・アメックス・キャッシュバック」や、セゾンのネットサービスを対象とした「超優待」特典が用意されています。

「超優待」特典では、以下に示す3つの優待(※3)を受けられます。

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(※1)プレステージ会員の通常年会費は429米ドル
(※2)1年間の移行上限マイルは150,000マイルまで
(※3)各割引・還元は、サービスごとに利用額合計50万円まで(割引・還元額の上限は50,000円)
(※4)合計金額の積算対象期間は、毎年7月1日から6月30日まで
(※5)2021年は、利用額を2021年5月17日~2022年6月30日に積算(以降は、毎年7月1日~6月30日に積算)

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年会費は無料となっているほか、追加カードを年会費無料で最大9枚まで発行できるなど、ビジネスカードの所持コストを重視したい経営者におすすめの1枚です。

なお、会計・給与計算のクラウドサービス「かんたんクラウド(MJS)」(株式会社ミロク情報サービスが提供)の月額利用料が3ヵ月間無料になる優待が付帯しているので、源泉徴収事務の円滑な処理にも活躍します。

また、ビジネスシーンで利用されることが多い下記サイト・サービスでカードを使って支払いを行うと、永久不滅ポイントが通常の4倍(税込1,000円につき4ポイント)貯まる点も魅力です。

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まとめ

源泉徴収とは、会社が給与から税金を差し引いて、社員の代わりに納税する仕組みです。給与所得者は、所得税が源泉徴収されるため、原則として確定申告を行う必要がありません。

なお、源泉徴収は、すべての収入に対してではなく、各種控除を適用したあとの「手取り」に対して行われます。会社側は、あらかじめ社員に対して「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」などの書面の提出を求め、適用される控除を把握しておきましょう。

基本的に源泉徴収した所得税は、翌月10日までに会社が税務署に納付する必要があります。そして、年に1度の年末調整で「各種控除の金額の確定」や「年調年税額の計算」を行い、「過納額の還付」または「不足額の徴収」を実施しなければなりません。

源泉徴収の事務は複雑なので担当者の負担が大きく、手作業で実施するとミスが多くなりがちです。毎月の給与計算に負担を感じたら、会計ソフトの利用をおすすめします。

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それぞれに特長があるので、年会費や付帯サービスを比較して、自社に適したものをお選びください。

監修者

中村 真里子

中村 真里子

仕事は経理事務が長く、裕福ではない家庭で育った経験、がんサバイバーとしての経験、現在直面している介護の問題などを皆さまにお伝えして参考にしていただければと思います。20代の頃からの株式投資経験を基に資産形成のお手伝い(金融商品や保険商品は販売しておりません)、社会保険に関する知恵、家計簿歴10年の家計管理のコツなどもお伝えできればと思っています。今後は成年後見制度の周知を目標に皆さまの老後の不安を少しでも軽くできるようなお手伝いをしたいと考えています。

【保有資格】
CFP、1級ファイナンシャル・プランニング技能士、社会保険労務士

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